北京大学的前身是京师大学堂，设立京师大学堂最早由刑部左侍郎李端棻提出，李端棻是梁启超妻子李端蕙的堂哥，其对梁启超可谓照顾周到，后因同情戊戌变法而被流放新疆。李端棻在光绪二十二年（1896年）五月初三即上奏此事，但不知为什么，朝廷无动于衷。1898年正月二十五日，御史王朋运再次上书，要求设立京师大学堂，这时正是光绪皇帝接受康有为建议废除科举制度的当口，他当即明发上谕：“准其建立，现在亟需开办，其详细章程著军机大臣会同总理各国事务衙门王大臣妥筹回奏。”
一向官僚的总理衙门根本没把上谕当回事，光绪皇帝等了几月后不见动静，他在四月二十三日《明定国是诏》中再次要求“妥速议奏”，这一次声势较大，总理衙门不敢再拖延，电请德龄公主的父亲裕庚速将日本东京大学堂的章程寄来，然而，帝师翁同龢突遭罢免，此事又被搁浅，五月八日，光绪皇帝的口气变得异常严厉，明确要求两部大臣“毋再迟延！”于是，总理衙门急忙在五月十四日上了《奏复遵议大学堂折》，其中登载的《大学堂章程》就是梁启超的“捉刀”之作。这是因为光绪皇帝要的很急，他们来不及制定京师大学堂的具体章程，梁启超比较熟悉西学，他略取日本学规，参以本国情形草定规则八十余条。受到光绪皇帝接见后，一介布衣的梁启超被赏赐六品衔。总理衙门为了投桃报李，积极向皇上举荐梁启超干办译文馆的具体事务。
光绪皇帝虽欣赏康有为、梁启超等人，但他却把与康梁等维新派的主张不同的孙家鼐任命为首任学务大臣，把持财政和人事权的他，任命了总教习和分教习，进入这个名单中的人鱼龙混杂，京师大学堂的命运堪忧。其实，这一任命无意间独存了“戊戌变法”中的这唯一成果，孙家鼐虽倾向学习欧美，然对于变法之事较为保守，守“礼”不渝。“戊戌政变”后，光绪遭到幽囚，维新派或出逃，或被治罪，慈禧太后全面复辟，艰难筹建中的京师大学堂虽是光绪皇帝的一力推动却被允许继续办理，不仅如此，非常欣赏孙家鼐的慈禧太后在八国联军入侵北京后西狩西安，还召其任礼部尚书一职，还京后，拜体仁阁大学士，历转东阁、文渊阁、晋升武英殿充学务大臣。
大学堂于1898年12月31日开学，科学课程竟一门未开，这种状况并非出自朝廷的意愿，1898年9月26日上谕及同年11月16 日懿旨一再要求对学生进行这方面的教学。1898年12月3日孙家鼐奏报大学堂开办情形，他指出：“泰西各国兵家农工商，所以确有明效者，以兵农工商皆出自学堂，农知学，则能相土宜，辨物种；工知学，则能通格致，精制造，其事皆士大夫所宜讲求”。由此可见，大学堂开学后迟迟没有开始科学一事，真正的责任者并不是孙家鼐，问题出在负责招聘各课老师的“西学总教习”丁韪良身上，此人一向办事懒散，漫不经心。
1902年1月10日，清政府下令恢复京师大学堂，命孙家鼐与张、荣共同整顿学堂教育。并任命张百熙为管学大臣时，张百熙第一个举动就是把丁韪良及以往聘用的所有外国教习统统免职。孙家鼐此时已年近八旬，学堂的大部分规章实际上是由张百熙制订，在他的主持下，1902年10月14日，京师大学堂正式招生。
作为中国近代第一所国立大学，也是当时全国的最高学府，京师大学堂承载着无数青年人的梦想，时至今日，北京大学更成为许多学子心目之中的中国最高学府，北大人不能忘记光绪皇帝的积极作用，虽然他并没有亲自到京师大学堂演讲，然而，他确实期望中华英才学习先进科学技术，立志报国，为中国走向富强而努力读书。
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